GSEABase

DOI:10.18129 / B9.bioc.GSEABase

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本，请参见GSEABase．

基因集富集数据结构与方法

Bioconductor版本:3.8

这个包提供了支持基因集富集分析(GSEA)的类和方法。

作者:马丁·摩根，赛斯·法尔肯，罗伯特·绅士

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

安装

要安装这个包，启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("GSEABase")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“GSEABase”)

PDF	R脚本	GSEABase简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	去，GeneExpression，GeneSetEnrichment，GraphAndNetwork，KEGG，软件
版本	1.44.0
在Bioconductor	BioC 2.1 (R-2.6)(11.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 2.6.0)，BiocGenerics(> = 0.13.8),Biobase(> = 2.17.8),注释(>= 1.45.3)，方法图(> = 1.37.2)
进口	AnnotationDbi，XML
链接
建议	hgu95av2.db，GO.db，org.Hs.eg.db，Rgraphviz，ReportingTools，testthat，BiocStyle，knitr
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	AGDEX，BicARE，CCPROMISE，cpvSNP，gCMAP，GSVAdata，npGSEA，承诺，singscore，splineTimeR，TissueEnrich
进口我	AUCell，BioCor，癌症，类别，categoryCompare，cellHTS2，EnrichmentBrowser，gCMAPWeb，gep2pep，GISPA，GlobalAncova，GSRI，GSVA，HTSanalyzeR，MIGSA，miRSM，mogsa，oppar，PCpheno，phenoTest，帖子，承诺，RcisTarget，ReportingTools，激流回旋
建议我	BiocCaseStudies，clusterProfiler，计，globaltest，GOstats，GSAR，GSEAlm，桅杆，PGSEA，phenoTest，TFEA。芯片，TFutils
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	GSEABase_1.44.0.tar.gz
Windows二进制	GSEABase_1.44.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	GSEABase_1.44.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GSEABase
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GSEABase
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GSEABase/
软件包下载报告	下载数据