哥特

DOI:10.18129 / B9.bioc.GOTHiC

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅哥特。

二项测试高c数据分析

Bioconductor版本:3.8

这是一个高c分析包使用累积二项测试来检测远端基因位点之间的交互,更读的机会比预期高c实验。需要映射配对挥动读取列表作为输入,并回馈重要的对于一个给定的基因组中本大小的交互。

作者:Borbala Mifsud和罗伯特糖

维护人员:Borbala Mifsud < b。在qmul.ac.uk mifsud >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“哥特式”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“哥特”)

PDF	R脚本	package_vignettes.pdf
PDF		参考手册

细节

biocViews	表观遗传学,嗝,ImmunoOncology,预处理,测序,软件
版本	1.18.1
Bioconductor自	BioC 2.14 (r - 3.1)(5年)
许可证	GPL-3
取决于	R(> = 2.15.1)、方法、效用,GenomicRanges,Biostrings,BSgenome,data.table
进口	BiocGenerics,S4Vectors(> = 0.9.38),IRanges,Rsamtools,ShortRead,rtracklayer,ggplot2
链接
建议	HiCDataLymphoblast
SystemRequirements
增强了	平行
URL
取决于我
进口我
建议我	HiCDataLymphoblast
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	GOTHiC_1.18.1.tar.gz
Windows二进制	GOTHiC_1.18.1.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	GOTHiC_1.18.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GOTHiC
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/哥特式
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GOTHiC/
包下载报告	下载数据