这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GDCRNATools。
Bioconductor版本:3.8
下载这是一个易于使用的计划、组织、和综合分析RNA表达数据在环球数码创意重点破解lncRNA-mRNA在癌症相关的龙头、监管网络。三个数据库lncRNA-miRNA交互包括spongeScan,母星和miRcode,以及三个数据库包括miRTarBase mRNA-miRNA交互,母星,miRcode为龙头、网络建设纳入包。limma、磨边机和DESeq2可以用来识别差异表达基因/ microrna。功能富集分析包括,KEGG,可以基于clusterProfiler和执行做包。单变量CoxPH和公里生存分析的多种基因可以在包来实现。除了一些常规的可视化功能,比如火山情节,酒吧的阴谋,阴谋和公里,几只闪亮的应用开发促进当地的可视化结果网页。
作者:李Ruidong,汉族,世博,巨龙,张,马也,Jianming Lu建国朱,你是钟,宇佳
维护人员:李Ruidong < rli012 ucr.edu >,汉曲< hqu002 ucr.edu >
从内部引用(R,回车引用(“GDCRNATools”)
):
安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GDCRNATools”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | DifferentialExpression,去,GeneExpression,GeneRegulation,GeneSetEnrichment,GeneTarget,ImmunoOncology,KEGG,网络,NetworkEnrichment,NetworkInference,RNASeq,软件,生存,可视化 |
版本 | 1.2.1 " |
Bioconductor自 | BioC 3.7 (r - 3.5)(1年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (> = 3.5.0) |
进口 | 闪亮的,jsonlite,rjson,XML,limma,刨边机,DESeq2,clusterProfiler,剂量,org.Hs.eg.db,biomaRt,生存,survminer,pathview,ggplot2,gplots,DT,GenomicDataCommons,BiocParallel |
链接 | |
建议 | knitr,testthat |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | GDCRNATools_1.2.1.tar.gz |
Windows二进制 | GDCRNATools_1.2.1.zip |
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | GDCRNATools_1.2.1.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GDCRNATools |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GDCRNATools |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/GDCRNATools/ |
包下载报告 | 下载数据 |