Fourcseq
doi：10.18129/b9.bioc.fourcseq
该包适用于生物导体的3.8版；对于稳定的最新版本，请参阅Fourcseq。
包装分析4C测序数据
生物导体版本：3.8
FourcSeq是一个用于分析（多路复用）4C测序数据的R软件包。该软件包提供了一条管道，以检测DNA元素之间的特定相互作用，并确定条件之间的差异相互作用。R中的统计分析从每个样本作为输入的单个BAM文件开始。为了获取这些文件，该软件包包含一个Python脚本（Extdata/Python/demultiplex.py），以将其用于删除插图库和修剪引物序列。使用标准对齐软件，可以生成所需的BAM文件。
作者：Felix A. Klein，Embl Heidelberg
维护者：Felix A. Klein
引用（从r内，输入引用（“ Fourcseq”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.5”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ fourcseq”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Fourcseq”）
| R脚本 | Fourcseq | |
| 参考手册 |
细节
| 生物浏览 | 预处理，，，，测序，，，，软件 |
| 版本 | 1.16.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.0（R-3.1）（4。5年） |
| 执照 | GPL（> = 3） |
| 要看 | r（> = 3.0），基因组机，，，，GGPLOT2，，，，deseq2（> = 1.9.11），花键，方法，LSD |
| 进口 | deseq2，，，，生物酶，，，，生物弦，，，，基因组机，，，，总结性特征，，，，rsamtools，，，，GGBIO，，，，RESHAPE2，，，，rtracklayer，，，，FDA，，，，基因组签名，，，，gtools，，，，矩阵 |
| 链接 | |
| 建议 | 生物使用，，，，尼特，，，，txdb.dmelanogaster.ucsc.dm3.ensgene |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | Fourcseq_1.16.0.tar.gz |
| Windows二进制 | Fourcseq_1.16.0.zip |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | Fourcseq_1.16.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fourcseq |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/fourcseq |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/fourcseq/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
