这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本,请参见FindMyFriends.
Bioconductor版本:3.8
在r中进行微生物比较基因组学的框架。该软件包的主要目的是协助创建泛基因组矩阵,其中来自相关生物的基因按相似性分组,以及对这些数据的分析。FindMyFriends提供了许多新颖的方法来进行泛基因组分析,并支持线性扩展的基因分组算法,从而使创建巨大的泛基因组变得可行。
作者:Thomas Lin Pedersen
维护者:Thomas Lin Pedersen
引文(从R内,输入引用(“FindMyFriends”)
):
要安装这个包,启动R (version "3.5")并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("FindMyFriends")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“FindMyFriends”)
超文本标记语言 | R脚本 | 使用FindMyFriends创建泛基因组 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 聚类,ComparativeGenomics,DataRepresentation,GenomicVariation,GraphAndNetwork,SequenceMatching,软件 |
版本 | 1.12.0 |
在Bioconductor | BioC 3.2 (R-3.2)(3.5年) |
许可证 | GPL (> = 2) |
取决于 | |
进口 | 方法,BiocGenerics,Biobase、工具、dplyr,IRanges,Biostrings,S4Vectors,烤肉串,igraph,矩阵,消化,filehash,Rcpp,ggplot2,gtable、网格reshape2,ggdendro,BiocParallel, utils,统计 |
链接 | Rcpp |
建议 | BiocStyle,testthat,knitr,rmarkdown,reutils |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/thomasp85/FindMyFriends |
BugReports | https://github.com/thomasp85/FindMyFriends/issues |
全靠我 | |
进口我 | PanVizGenerator |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | FindMyFriends_1.12.0.tar.gz |
Windows二进制 | FindMyFriends_1.12.0.zip(32位和64位) |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | FindMyFriends_1.12.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FindMyFriends |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/FindMyFriends |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/FindMyFriends/ |
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