FindMyFriends

DOI:10.18129 / B9.bioc.FindMyFriends

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本,请参见FindMyFriends

微生物比较基因组学研究

Bioconductor版本:3.8

在r中进行微生物比较基因组学的框架。该软件包的主要目的是协助创建泛基因组矩阵,其中来自相关生物的基因按相似性分组,以及对这些数据的分析。FindMyFriends提供了许多新颖的方法来进行泛基因组分析,并支持线性扩展的基因分组算法,从而使创建巨大的泛基因组变得可行。

作者:Thomas Lin Pedersen

维护者:Thomas Lin Pedersen

引文(从R内,输入引用(“FindMyFriends”)):

安装

要安装这个包,启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("FindMyFriends")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“FindMyFriends”)

超文本标记语言 R脚本 使用FindMyFriends创建泛基因组
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 聚类ComparativeGenomicsDataRepresentationGenomicVariationGraphAndNetworkSequenceMatching软件
版本 1.12.0
在Bioconductor BioC 3.2 (R-3.2)(3.5年)
许可证 GPL (> = 2)
取决于
进口 方法,BiocGenericsBiobase、工具、dplyrIRangesBiostringsS4Vectors烤肉串igraph矩阵消化filehashRcppggplot2gtable、网格reshape2ggdendroBiocParallel, utils,统计
链接 Rcpp
建议 BiocStyletestthatknitrrmarkdownreutils
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/thomasp85/FindMyFriends
BugReports https://github.com/thomasp85/FindMyFriends/issues
全靠我
进口我 PanVizGenerator
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 FindMyFriends_1.12.0.tar.gz
Windows二进制 FindMyFriends_1.12.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan) FindMyFriends_1.12.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FindMyFriends
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/FindMyFriends
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/FindMyFriends/
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