FastqCleaner

DOI:10.18129 / B9.bioc.FastqCleaner

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本，请参见FastqCleaner．

FASTQ文件质量控制、过滤和裁剪的闪亮应用

Bioconductor版本:3.8

一个交互式web应用程序的质量控制，过滤和修改FASTQ文件。这个用户友好的工具结合了一个基于Biostrings和ShortRead基础设施的数据处理管道，以及一个先进的可视化环境。单读文件和成对结束文件可以在本地处理。为输入和输出文件都提供了诊断交互图(CG内容、每个碱基序列质量等)。

作者:Leandro Roser [aut, cre]， Fernán Agüero [aut]， Daniel Sánchez [aut]

维护者:Leandro Roser

安装

要安装这个包，启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("FastqCleaner")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“FastqCleaner”)

PDF	R脚本	FastqCleaner简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	质量控制，SangerSeq，SequenceMatching，测序，软件
版本	1.0.0
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(0.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于
进口	方法,闪亮的统计数据,IRanges，Biostrings，ShortRead，DT、方法、S4Vectors、图形、htmltools，shinyBS，Rcpp(> = 0.12.12)
链接	Rcpp
建议	BiocStyle，testthat，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	FastqCleaner_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	FastqCleaner_1.0.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	FastqCleaner_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FastqCleaner
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/FastqCleaner
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/FastqCleaner/
软件包下载报告	下载数据