该包适用于生物导体的3.8版;对于稳定的最新版本,请参阅Egsea。
生物导体版本:3.8
该软件包实现了用于基因集测试的基因集富集分析(EGSEA)方法。
作者:Montrer Alhamdoosh,Luyi Tian,Milica Ng和Matthew Ritchie
维护者:Monterer Alhamdoosh
引用(从r内,输入引用(“ Egsea”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.5”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ egsea”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“ Egsea”)
R脚本 | Egsea小插图 | |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 分类,,,,差异性,,,,去,,,,基因表达,,,,基因烯,,,,基因信号,,,,遗传学,,,,遗传学,,,,GraphandNetwork,,,,免疫学,,,,kegg,,,,代谢组学,,,,微阵列,,,,多重组合,,,,网络,,,,NetworkEnrichment,,,,Onechannel,,,,途径,,,,蛋白质组学,,,,rnaseq,,,,测序,,,,软件,,,,系统生物学,,,,两通道 |
版本 | 1.10.1 |
在生物导体中 | Bioc 3.3(R-3.3)(3年) |
执照 | GPL-3 |
要看 | r(> = 3.5),生物酶,,,,量规(> = 2.14.4),AnnotationDbi,,,,topgo(> = 2.16.0),PathView(> = 1.4.2) |
进口 | padog(> = 1.6.0),GSVA(> = 1.12.0),全球测试(> = 5.18.0),林玛(> = 3.20.9),EDGER(> = 3.6.8),htmlutils(> = 0.1.5),HWRITER(> = 1.2.2),GPLOTS(> = 2.14.2),GGPLOT2(> = 1.0.0),安全的(> = 3.4.0),Stringi(> = 0.5.0),并行,统计,代码,grdevices,图形,utils,org.hs.eg.db,,,,org.mm.eg.db,,,,org.rn.eg.db,,,,rcolorbrewer, 方法,Egseadata(> = 1.3.1),glimma(> = 1.4.0),htmlwidgets,,,,情节,,,,DT |
链接 | |
建议 | 生物使用,,,,尼特,,,,测试 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
取决于我 | EGSEA123 |
进口我 | |
建议我 | Egseadata |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | egsea_1.10.1.tar.gz |
Windows二进制 | egsea_1.10.1.zip |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | egsea_1.10.1.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/egsea |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/egsea |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/egsea/ |
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