达米尔塞克

doi：10.18129/b9.bioc.damirseq

该包适用于生物导体的3.8版；对于稳定的最新版本，请参阅达米尔塞克。

RNA-seq数据的数据挖掘：归一化，特征选择和分类

生物导体版本：3.8

Damirseq软件包提供了数据挖掘程序的整洁管道，以识别转录生物标志物并将其用于二进制和多类分类目的。该软件包接受任何形式的数据作为原始计数表，并允许包括实验设置中发生的连续和阶乘变量。一系列功能使用户能够通过过滤基因组特征和样本来清理数据，通过识别和删除不需要的变化来源（即批次和混杂因素）来调整数据，并选择最佳的建模预测指标。最后，采用“堆叠”合奏学习技术来构建强大的分类模型。每个步骤都包含一个检查点，用户可以通过查看诊断图，例如聚类和热图，RLE盒子图，MDS或相关图来利用用户来评估数据管理的影响。

作者：Mattia Chiesa ，luca piacentini

维护者：Mattia chiesa

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.5”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ damirseq”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Damirseq”）

PDF	R脚本	RNA -seq数据的数据挖掘：归一化，功能选择和分类 - Damirseq软件包
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	分类，，，，免疫学，，，，rnaseq，，，，测序，，，，软件
版本	1.6.2
在生物导体中	Bioc 3.5（R-3.4）（2年）
执照	GPL（> = 2）
要看	r（> = 3.4），总结性特征，，，，GGPLOT2
进口	deseq2，，，，林玛，，，，EDASEQ，，，，rcolorbrewer，，，，SVA，，，，HMISC，，，，pheatmap，，，，Factominer，，，，Corrplot，，，，Randomforest，，，，E1071，，，，商在，，，，大量的，，，，橄榄酸，，，，PLSVARSEL，，，，knn，，，，FSELECTOR，方法，统计，utils，图形，grdevices，RESHAPE2，，，，ineq，，，，手臂，，，，请，，，，rsnns，，，，EDGER
链接
建议	生物使用，，，，尼特，，，，测试
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我	加尔斯
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	damirseq_1.6.2.tar.gz
Windows二进制	damirseq_1.6.2.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	damirseq_1.6.2.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/damirseq
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/damirseq
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/damirseq/
软件包下载报告	下载统计