DSS

DOI:10.18129 / B9.bioc.DSS

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅DSS。

测序数据的分散收缩

Bioconductor版本:3.8

决策支持系统是一个基于R库执行差分析点测序数据。它从RNA-seq(度)的差异表达基因检测,和不同的甲基化位点或地区(DML / dmr)从酸性亚硫酸盐测序(BS-seq)。DSS的核心是一种新的色散收缩色散参数估算方法从Gamma-Poisson或Beta-Binomial分布。

作者:吴皓<郝。吴:emory.edu >

维修工:吴皓<郝。吴:emory.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(DSS)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (DSS)

PDF	R脚本	微分表达式与色散收缩RNA-seq数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq,DNAMethylation,DifferentialExpression,DifferentialMethylation,GeneExpression,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件
版本	2.30.1
Bioconductor自	BioC 2.11 (r - 2.15)(6.5年)
许可证	GPL
取决于	R (> = 3.3),Biobase,bsseq、样条函数、方法
进口	统计数据、图形、DelayedArray
链接
建议	BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	DMRcate
进口我	kissDE
建议我	适当的
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	DSS_2.30.1.tar.gz
Windows二进制	DSS_2.30.1.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	DSS_2.30.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DSS
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DSS
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DSS/
包下载报告	下载数据