DRIMSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.DRIMSeq

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅DRIMSeq。

微分记录使用和tuQTL分析RNA-seq Dirichlet-multinomial模型

Bioconductor版本:3.8

包提供了两种框架。一个微分成绩单使用分析不同条件和一个用于tuQTL分析。两者都是基于基因组特征的数量(即建模。、成绩单)Dirichlet-multinomial分布。包也可用函数可视化和勘探的数据和结果。

作者:马格达雷娜Nowicka (aut (cre)

维护人员:马格达雷娜Nowicka < gosia。在uzh.ch nowicka >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“DRIMSeq”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“DRIMSeq”)

PDF	R脚本	微分记录使用和记录使用QTL分析与DRIMSeq RNA-seq包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	AlternativeSplicing,DifferentialExpression,DifferentialSplicing,GeneExpression,遗传学,ImmunoOncology,MultipleComparison,RNASeq,单核苷酸多态性,测序,软件,WorkflowStep
版本	1.10.1
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(3年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 3.4.0)
进口	跑龙套,统计数据,质量,GenomicRanges,IRanges,S4Vectors,BiocGenerics、方法、BiocParallel,limma,刨边机,ggplot2,reshape2
链接
建议	PasillaTranscriptExpr,GeuvadisTranscriptExpr、网格BiocStyle,knitr,testthat
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	rnaseqDTU
进口我	IsoformSwitchAnalyzeR
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	DRIMSeq_1.10.1.tar.gz
Windows二进制	DRIMSeq_1.10.1.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	DRIMSeq_1.10.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DRIMSeq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DRIMSeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DRIMSeq/
包下载报告	下载数据