DOQTL

DOI:10.18129 / B9.bioc.DOQTL

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本，请参见DOQTL．

DO小鼠的基因分型和QTL定位

Bioconductor版本:3.8

DOQTL是为多样性远交小鼠和其他多亲本远交群体设计的数量性状位点(QTL)定位管道。该包从基因分型阵列读取数据，并使用隐马尔可夫模型(HMM)执行单倍型重建。然后使用HMM的单倍型概率来执行链接映射。当创始人序列可用时，DOQTL可以使用单倍型重建将创始人序列植入DO基因组并进行关联作图。

作者:Daniel Gatti, Karl Broman, Andrey Shabalin, Petr Simecek

维护者:Daniel Gatti

安装

要安装这个包，启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("DOQTL")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“DOQTL”)

PDF	R脚本	利用多样性远交系小鼠进行QTL定位
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneticVariability，遗传学，HiddenMarkovModel，单核苷酸多态性，软件
版本	1.18.0
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(4.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.0.0)，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10，GenomicRanges，VariantAnnotation
进口	注释，annotationTools，biomaRt，Biobase，BiocGenerics，corpcor，doParallel，foreach，fpc，hwriter，IRanges，迭代器，mclust，QTLRel，回归，rhdf5，Rsamtools，RUnit，XML
链接
建议	MUGAExampleData
SystemRequirements
增强了
URL	http://do.jax.org
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	DOQTL_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	DOQTL_1.18.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	DOQTL_1.18.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DOQTL
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DOQTL
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DOQTL/
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