DMRScan

DOI:10.18129 / B9.bioc.DMRScan

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本,请参见DMRScan

差异甲基化区域的检测

Bioconductor版本:3.8

该包检测显著差异甲基化区域(定性和定量性状),使用扫描统计和潜在的泊松启发式。扫描统计数据将取决于窗口大小的序列(每个窗口内的cpg数量)和每个窗口大小的阈值。该阈值可以通过三种不同的方法计算:i)分析性地使用Siegmund等人(2012)的解决方案(首选),ii) Zhang(2008)建议的重要抽样,以及iii)数据的完整MCMC建模,在许多不同的选项中选择,以建模每个CpG之间的依赖关系。

作者:Christian M Page [aut, cre], Linda Vos [aut], Trine B Rounge [ctb, dtc], Hanne F Harbo [ths], Bettina K Andreassen [aut]

维护者:Christian M Page < Page。Ntnu在gmail.com>

引文(从R内,输入引用(“DMRScan”)):

安装

要安装这个包,启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("DMRScan")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“DMRScan”)

PDF R脚本 DMRScan。限制型心肌病
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 测序软件技术WholeGenome
版本 1.8.0
在Bioconductor BioC 3.5 (R-3.4)(2年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 3.4.0)
进口 矩阵质量RcppRollGenomicRangesIRangesGenomeInfoDb、方法、mvtnorm,统计,并行
链接
建议 testthatknitrrmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/christpa/DMRScan
BugReports https://github.com/christpa/DMRScan/issues
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 DMRScan_1.8.0.tar.gz
Windows二进制 DMRScan_1.8.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) DMRScan_1.8.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DMRScan
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DMRScan
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/DMRScan/
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