DMRScan

DOI:10.18129 / B9.bioc.DMRScan

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本，请参见DMRScan．

差异甲基化区域的检测

Bioconductor版本:3.8

该包检测显著差异甲基化区域(定性和定量性状)，使用扫描统计和潜在的泊松启发式。扫描统计数据将取决于窗口大小的序列(每个窗口内的cpg数量)和每个窗口大小的阈值。该阈值可以通过三种不同的方法计算:i)分析性地使用Siegmund等人(2012)的解决方案(首选)，ii) Zhang(2008)建议的重要抽样，以及iii)数据的完整MCMC建模，在许多不同的选项中选择，以建模每个CpG之间的依赖关系。

作者:Christian M Page [aut, cre]， Linda Vos [aut]， Trine B Rounge [ctb, dtc]， Hanne F Harbo [ths]， Bettina K Andreassen [aut]

维护者:Christian M Page < Page。Ntnu在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("DMRScan")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“DMRScan”)

PDF	R脚本	DMRScan。限制型心肌病
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	测序，软件，技术，WholeGenome
版本	1.8.0
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.4.0)
进口	矩阵，质量，RcppRoll，GenomicRanges，IRanges，GenomeInfoDb、方法、mvtnorm，统计，并行
链接
建议	testthat，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/christpa/DMRScan
BugReports	https://github.com/christpa/DMRScan/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	DMRScan_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	DMRScan_1.8.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	DMRScan_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DMRScan
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DMRScan
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DMRScan/
软件包下载报告	下载数据