DMCHMM

DOI:10.18129 / B9.bioc.DMCHMM

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本，请参见DMCHMM．

基于隐马尔可夫模型的差异甲基化CpG

Bioconductor版本:3.8

在亚硫酸氢盐测序数据中使用隐马尔可夫模型识别差异甲基化CpG位点的管道。

作者:Farhad Shokoohi

维护者:Farhad Shokoohi < Shokoohi at icloud.com>

安装

要安装这个包，启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“DMCHMM”)

超文本标记语言	R脚本	DMCHMM
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道，DifferentialMethylation，HiddenMarkovModel，测序，软件
版本	1.4.0
在Bioconductor	BioC 3.6 (R-3.4)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.5.0)，SummarizedExperiment、方法、S4Vectors，BiocParallel，GenomicRanges，IRanges，fdrtool
进口	utils, stats, grDevices，rtracklayer，multcomp，校准、图形
链接
建议	testthat，knitr
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/shokoohi/DMCHMM/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	DMCHMM_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	DMCHMM_1.4.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	DMCHMM_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DMCHMM
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DMCHMM
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DMCHMM/
软件包下载报告	下载数据