deseq2

doi：10.18129/b9.bioc.deseq2

该包适用于生物导体的3.8版；对于稳定的最新版本，请参阅deseq2。

基于负二项式分布的差异基因表达分析

生物导体版本：3.8

估计来自高通量测序测定法的计数数据的依赖性依赖性，并基于模型使用负二项式分布测试差异表达。

作者：迈克尔·洛夫，西蒙·安德斯，沃尔夫冈·胡伯

维护者：迈克尔·洛夫（Michael Love）

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.5”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ deseq2”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ deseq2”）

html	R脚本	用DESEQ2分析RNA-Seq数据
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	贝叶斯，，，，chipseq，，，，聚类，，，，差异性，，，，基因表达，，，，免疫学，，，，微生物组，，，，正常化，，，，委托人，，，，rnaseq，，，，回归，，，，测序，，，，软件，，，，转录
版本	1.22.2
在生物导体中	Bioc 2.12（R-3.0）（6年）
执照	LGPL（> = 3）
要看	S4VECTORS（> = 0.9.25），iranges，，，，基因组机，，，，总结性特征（> = 1.1.6）
进口	生物基因（> = 0.7.5），生物酶，，，，生物比较，，，，GeneFilter， 方法，Locfit，，，，Geneplotter，，，，GGPLOT2，，，，HMISC，，，，RCPP（> = 0.11.0）
链接	RCPP，，，，rcpparmadillo
建议	测试，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，VSN，，，，pheatmap，，，，rcolorbrewer，，，，ihw，，，，apeglm，，，，阿什，，，，tximport，，，，tximportdata，，，，readr，，，，pbapply，，，，呼吸道，，，，帕西拉（> = 0.2.10）
系统要求
增强
URL	https://github.com/mikelove/deseq2
取决于我	dchiprep，，，，dexseq，，，，Fourcseq，，，，RGSEPD，，，，rnaseqdtu，，，，rnaseqgene，，，，TCC，，，，XBSEQ
进口我	阿纳米尔，，，，阿纳金，，，，anota2seq，，，，BloodCancermultiomics2017，，，，共识，，，，Coseq，，，，countsimqc，，，，达米尔塞克，，，，碎片器，，，，分解疾病，，，，变形，，，，DegReport，，，，Desubs，，，，差异，，，，EEGC，，，，富集兄弟，，，，ERSSA，，，，Fourcseq，，，，gdcrnatools，，，，Genogam，，，，htsfilter，，，，理想的，，，，ihwpaper，，，，冲动2，，，，检查，，，，兴趣，，，，Isomirs，，，，接口，，，，亲，，，，mlseq，，，，校长，，，，Pathostat，，，，PCAEXPLORER，，，，Powerexplorer，，，，recountworkflow，，，，地区报告，，，，报告工具，，，，rmmquant，，，，rnaseqr，，，，Singlecelltk，，，，Snphood，，，，Srnadiff，，，，Systempiper，，，，次级表演，，，，vidger
建议我	apeglm，，，，生物室，，，，生物基因，，，，生物剂，，，，卡格，，，，compcoder，，，，德芬德，，，，diffloop，，，，增强的Volcano，，，，量规，，，，基因组签名，，，，基因组机，，，，glimma，，，，ihw，，，，JCTSEQDATA，，，，Mirmine，，，，关键，，，，门索，，，，后代，，，，叙事，，，，regparallel，，，，Ruvseq，，，，斯克兰，，，，single.mtec.transcriptomes，，，，subseq，，，，总结，，，，tfea.chip，，，，tximeta，，，，tximport，，，，方差分区，，，，扳手，，，，Zinbwave
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	deseq2_1.22.2.2.2.tar.gz
Windows二进制	deseq2_1.22.2.2.2.zip（32-和64位）
Mac OS X 10.11（El Capitan）	deseq2_1.22.2.2.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/deseq2
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/deseq2
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/deseq2/
软件包下载报告	下载统计