CoGAPS

DOI:10.18129 / B9.bioc.CoGAPS

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅CoGAPS。

协调基因活动模式集

Bioconductor版本:3.8

协调基因活动模式集(CoGAPS)实现了贝叶斯密度矩阵分解算法,空白,然后将它链接到基因集统计方法推断生物过程的活动。它可以用来执行稀疏矩阵分解在任何数据,这些数据代表了生物分子,做基因分析。

作者:托马斯·谢尔曼Wai-shing李,康纳Kelton, Ondrej Maxian,雅各布·凯里吉纳维芙Stein-O ' brien迈克尔很远,玛吉Wodicka,约翰·斯坦斯菲尔德肖恩Sivy,亚历山大Favorov,迈克Ochs,伊卡洛•Colantuoni多数

维修工:伊j .多数< ejfertig jhmi.edu >、托马斯·d·谢尔曼< tomsherman159 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“CoGAPS”)

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文档

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HTML	R脚本	CoGAPS
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文本		新闻

细节

biocViews	贝叶斯,聚类,DifferentialExpression,DimensionReduction,GeneExpression,GeneSetEnrichment,ImmunoOncology,微阵列,MultipleComparison,RNASeq,软件,TimeCourse,转录
版本	3.2.40
Bioconductor自	BioC 2.7 (r - 2.12)(8.5年)
许可证	GPL (= = 2)
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	BiocParallel,集群,data.table、方法、gplots、图形、grDevicesRColorBrewer,Rcpp,S4Vectors,SingleCellExperiment统计数据,SummarizedExperiment、工具、跑龙套rhdf5
链接	Rcpp
建议	testthat,knitr,rmarkdown,BiocStyle
SystemRequirements
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取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	CoGAPS_3.2.40.tar.gz
Windows二进制	CoGAPS_3.2.40.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	CoGAPS_3.2.40.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CoGAPS
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CoGAPS
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CoGAPS/
包下载报告	下载数据