芝加哥

DOI:10.18129 / B9.bioc.Chicago

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本，请参见芝加哥。

芝加哥:基因组组织捕获Hi-C分析

Bioconductor版本:3.8

用于分析Capture Hi-C数据的管道。

作者:Jonathan Cairns, Paula Freire Pritchett, Steven Wingett, Mikhail Spivakov

维护者:Mikhail Spivakov < Spivakov at babraham.ac.uk>

安装

要安装这个包，启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("Chicago")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“芝加哥”)

超文本标记语言	R脚本	芝加哥的故事
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	表观遗传学，嗝，ImmunoOncology，测序，软件
版本	1.10.1
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(3年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.2)，data.table
进口	matrixStats，质量，Hmisc，Delaporte，方法，grDevices，图形，统计，utils
链接
建议	argparse，BiocStyle，knitr，rmarkdown，PCHiCdata，testthat，Rsamtools，GenomicInteractions，GenomicRanges，IRanges，AnnotationHub
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	PCHiCdata
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	Chicago_1.10.1.tar.gz
Windows二进制	Chicago_1.10.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	Chicago_1.10.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Chicago
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Chicago
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Chicago/
软件包下载报告	下载数据