ChIPseqR

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPseqR

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ChIPseqR。

高通量测序数据中识别蛋白质结合位点

Bioconductor版本:3.8

从ChIP-seq ChIPseqR识别蛋白质结合位点和核小体定位实验。模型用于描述绑定事件发展定位核小体但应该足够灵活,可以处理其他类型的实验。

作者:彼得·汉保格

维护人员:彼得汉保格<彼得。汉保格gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ChIPseqR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ChIPseqR”)

PDF	R脚本	介绍ChIPseqR
PDF		参考手册

细节

biocViews	ChIPSeq,基础设施,软件
版本	1.36.0
Bioconductor自	BioC 2.5 (r - 2.10)(9.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R(> = 2.10.0)、方法BiocGenerics,S4Vectors(> = 0.9.25)
进口	Biostrings,fBasics,GenomicRanges,IRanges(> = 2.5.14)、图形、grDevicesHilbertVis,ShortRead统计数据,timsac,跑龙套
链接
建议
SystemRequirements
增强了
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取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ChIPseqR_1.36.0.tar.gz
Windows二进制	ChIPseqR_1.36.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	ChIPseqR_1.36.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChIPseqR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ChIPseqR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ChIPseqR/
包下载报告	下载数据