ChIPanalyser

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPanalyser

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ChIPanalyser。

ChIPanalyser:预测转录因子结合位点

Bioconductor版本:3.8

基于统计热力学框架,ChIPanalyser试图产生ChIP-seq像概要文件。模型依赖于四个考虑:TF结合位点可以使用位置权重矩阵,得分在转录因子结合DNA可访问性起着作用,绑定配置文件依赖转录因子与DNA的数量最后结合能(另一种描述PWM的)或绑定特异性应该调制(因此引入绑定特异性调制器)。ChIPanalyser的最终结果是生产资料模拟真实ChIP-seq概要文件和提供这些预测的精度测量配置文件后相比,真正的ChIP-seq数据。最终目标是生产ChIP-seq资料预测ChIP-seq像配置文件来规避产生昂贵的ChIP-seq实验的需要。

作者:帕特里克·c。马丁和尼古拉·拉杜Zabet

维修工:帕特里克·c·马丁< pm16057在essex.ac.uk >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ChIPanalyser”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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PDF	R脚本	ChIPanalyser用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,BiologicalQuestion,ChIPSeq,ChipOnChip,报道,DataImport,PeakDetection,SequenceMatching,测序,软件,转录,WorkflowStep
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.5.1),GenomicRanges,Biostrings,BSgenome,RcppRoll、并行
进口	方法,IRanges,S4VectorsgrDevices图形,统计,跑龙套,rtracklayer,ROCR,BiocManager,GenomeInfoDb
链接
建议	BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3,knitr,RUnit,BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ChIPanalyser_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	ChIPanalyser_1.4.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	ChIPanalyser_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChIPanalyser
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ChIPanalyser
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ChIPanalyser/
包下载报告	下载数据