ChIPXpress

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPXpress

此包适用于Bioconductor的3.8版本;有关稳定的最新发布版本，请参见ChIPXpress．

利用公开的基因表达谱，从ChIP-seq和ChIP-chip数据中增强转录因子靶基因识别

Bioconductor版本:3.8

ChIPXpress将从ChIPx数据中预测的TF结合基因作为输入，并使用从NCBI GEO下载的相应基因表达谱数据库对TF结合靶标进行排序，按哪个基因最有可能是功能性TF靶标。

作者:George Wu

维护人员:George Wu

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“ChIPXpress”)

PDF	R脚本	ChIPXpress
PDF		参考手册

细节

biocViews	ChIPSeq，ChIPchip，软件
版本	1.26.0
在Bioconductor公司	BioC 2.11 (R-2.15)(6.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (>= 2.10)，ChIPXpressData
进口	Biobase，GEOquery，frma，affy，bigmemory，biganalytics
链接
建议	mouse4302frmavecs，mouse4302.db，mouse4302cdf，RUnit，BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	ChIPXpress_1.26.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	ChIPXpress_1.26.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/ChIPXpress
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ChIPXpress
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ChIPXpress/
软件包下载报告	下载数据