冠军
doi：10.18129/b9.bioc.Champ
该包适用于生物导体的3.8版；对于稳定的最新版本，请参阅冠军。
芯片分析Illumina HumanMethylation 450和Epic的甲基化管道
生物导体版本：3.8
该软件包包括质量控制指标，标准化方法的选择和新方法，以识别差异化甲基化区域并突出拷贝数的变化。
作者：Yuan Tian [Cre，Aut]，Tiffany Morris [CTB]，Lee Stirling [CTB]，Andrew Feber [CTB]，Andrew Teschendorff [CTB]，Ankur Chakravarthy [CTB]
维护者：yuan tian
引用（从r内，输入引用（“冠军”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.5”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ champ”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“冠军”）
| html | R脚本 | 冠军：芯片分析甲基化管道 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 库务，，，，DNAMETHYLATY，，，，甲基化array，，，，微阵列，，，，正常化，，，，软件，，，，两通道 |
| 版本 | 2.12.4 |
| 在生物导体中 | Bioc 2.13（R-3.0）（5。5年） |
| 执照 | GPL-3 |
| 要看 | r（> = 3.3），Minfi，，，，Champdata（> = 2.6.0），女性（> = 3.1），dmrcate，，，，Illumina450probevariants.db，，，，光照明甲基甲基化epicmanifest |
| 进口 | Prettydoc，，，，HMISC，，，，全球测试，，，，SVA，，，，Illuminaio，，，，rmarkDown，，，，Illuminahumanmethylation450Kmanifest，，，，Illuminahumanmethylationepicanno.ilm10b2.hg19，，，，林玛，，，，rpmm，，，，DNACOPIGY，，，，预处理，，，，算，，，，Marray，，，，西瓜，，，，plyr，，，，Goseq，，，，甲基小姐，，，，毕马威，，，，基因组机，，，，QVALUE，，，，ISVA，，，，多帕尔，，，，Bumphunter，，，，Quadprog，，，，闪亮的，，，，有光泽的人，，，，情节（> = 4.5.6），rcolorbrewer，，，，Dendextend，，，，矩阵，，，，组合 |
| 链接 | |
| 建议 | 尼特，，，，rmarkDown |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | Champ_2.12.4.tar.gz |
| Windows二进制 | Champ_2.12.4.zip |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | Champ_2.12.4.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/champ |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：包装/冠军 |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/champ/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
