CexoR

DOI:10.18129 / B9.bioc.CexoR

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅CexoR。

R包发现高分辨率protein-DNA交互ChIP-exo复制

Bioconductor版本:3.8

链具体peak-pair调用ChIP-exo复制。累计Skellam分布函数(包“Skellam”)是用于检测显著正常计数差异反对签署在每个DNA链(peak-pairs)。不能再现的发现率重叠peak-pairs跨生物复制使用包印尼盾的估计。

作者:佩德罗情歌<生物信息学。工程师在gmail.com >

维护人员:佩德罗情歌<生物信息学。工程师在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“CexoR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“CexoR”)

PDF	R脚本	CexoR装饰图案
PDF		参考手册
文本		许可证

细节

biocViews	遗传学,测序,软件,转录
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 2.13 (r - 3.0)(5.5年)
许可证	艺术- 2.0 | GPL-2 +文件许可
取决于	R (> = 2.10.0),S4Vectors,IRanges
进口	Rsamtools,GenomeInfoDb,GenomicRanges,rtracklayer,印尼盾,RColorBrewer,genomation
链接
建议	RUnit,BiocGenerics,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	CexoR_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	CexoR_1.20.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	CexoR_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CexoR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CexoR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CexoR/
包下载报告	下载数据