CancerMutationAnalysis

DOI:10.18129 / B9.bioc.CancerMutationAnalysis

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅CancerMutationAnalysis。

癌症突变分析

Bioconductor版本:3.8

这个包实现体细胞突变基因和基因簇水平分析方法研究癌症。能够区分方法驱动基因(发挥积极作用在肿瘤发生)和乘客基因(突变的肿瘤样本,但没有参与肿瘤发生)并整合研究设计分为两个阶段。基因片段的方法实现patient-oriented方法计算每个样本基因片段的分数,然后结合他们在样品;gene-oriented方法利用Wilcoxon测试还提供了比较。

作者:乔凡尼Parmigiani Simina m·博卡

维护人员:Simina m·博卡< smb310 georgetown.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“CancerMutationAnalysis”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“CancerMutationAnalysis”)

PDF	R脚本	CancerMutationAnalysisTutorial
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	遗传学,软件
版本	1.24.0
Bioconductor自	BioC 2.10 (r - 2.15)(7年)
许可证	GPL许可证(> = 2)+文件
取决于	R (> = 2.10.0),qvalue
进口	AnnotationDbi,limma、方法、统计数据
链接
建议	KEGG.db
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	CancerMutationAnalysis_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	CancerMutationAnalysis_1.24.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	CancerMutationAnalysis_1.24.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CancerMutationAnalysis
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CancerMutationAnalysis
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CancerMutationAnalysis/
包下载报告	下载数据