CVE

DOI:10.18129 / B9.bioc.CVE

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅CVE。

癌症变异探险家

Bioconductor版本:3.8

闪亮的肿瘤应用互动不同优先级的精度。CVE的输入文件的输出文件是最近发布的Oncotator变异注释工具总结variant-centric信息来自14个不同的公开资源相关的癌症研究。互动priortisation CVE是基于已知的生殖系和癌症变异,DNA修复基因和功能预测的分数。CVE的一个可选的特性是肿瘤特异途径的探索环境,促进从公开的转录组数据使用co-expression模块生成的。最后druggability优先变异评估使用药物基因交互数据库(DGIdb)。

作者:Andreas模拟(aut (cre)

维修工:Andreas模拟<模拟。在gmail.com科学>

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(CVE)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (CVE)

HTML	R脚本	癌症变异Explorer (CVE)教程
HTML	R脚本	与TCGA RNAseq数据加权基因co-expression网络分析
PDF		参考手册

细节

biocViews	BiomedicalInformatics,软件
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.4.0),tidyverse,plyr,ggplot2
进口	闪亮的,ConsensusClusterPlus,RColorBrewer,gplots,jsonlite,猿,WGCNA
链接
建议	knitr,rmarkdown,RTCGAToolbox,testthat,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	CVE_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	CVE_1.8.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	CVE_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CVE
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CVE
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CVE/
包下载报告	下载数据