CSAR

DOI:10.18129 / B9.bioc.CSAR

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅CSAR。

ChIP-seq数据的分析统计工具

Bioconductor版本:3.8

ChIP-seq数据分析的统计工具。包包括统计方法描述的考夫曼et al。(2009)《公共科学图书馆·生物学:7 (4):e1000090。短暂,平均DNA片段的大小进行排序,软件计算基因组单核苷酸read-enrichment值。正常化后,使用一个测试样本和控制比较基于泊松分布。检验统计量阈值来控制错误发现率是通过随机排列。

作者:Jose M Muino

维修工:Jose M Muino <何塞。在live.com muino >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(CSAR)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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PDF	R脚本	CSAR装饰图案
PDF		参考手册

细节

biocViews	ChIPSeq,遗传学,软件,转录
版本	1.34.0
Bioconductor自	BioC 2.6 (r - 2.11)(9年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 2.15.0),S4Vectors,IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges
进口	统计,跑龙套
链接
建议	ShortRead,Biostrings
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	NarrowPeaks
建议我	NarrowPeaks
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	CSAR_1.34.0.tar.gz
Windows二进制	CSAR_1.34.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	CSAR_1.34.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CSAR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CSAR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CSAR/
包下载报告	下载数据