法典
doi：10.18129/b9.bioc.codex
该包适用于生物导体的3.8版；对于稳定的最新版本，请参阅法典。
整个外显子组测序的归一化和拷贝数变化检测方法
生物导体版本：3.8
整个外显子DNA测序数据的归一化和拷贝数变化过程。法典依赖于使用相同的测序管道进行正常化处理的多个样品的可用性，并且不需要匹配的控件。法典中的归一化模型包括由于GC含量，外显子长度，靶向和放大效率以及潜在的全身性伪影而专门消除偏差的术语。法典还包括一个基于泊松的递归分割过程，该过程明确地对基于计数的外显子组测序数据进行了建模。
作者：Yuchao Jiang，Nancy R. Zhang
维护者：yuchao jiang
引用（从r内，输入引用（“ codex”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.5”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ codex”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ codex”）
| R脚本 | 使用Codex | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 库务，，，，Exomeseq，，，，免疫学，，，，正常化，，，，QualityControl，，，，软件 |
| 版本 | 1.14.1 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.1（R-3.2）（4年） |
| 执照 | GPL-2 |
| 要看 | r（> = 3.2.3），rsamtools，，，，GenomeInfodB，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，iranges，，，，生物弦，，，，S4VECTORS |
| 进口 | |
| 链接 | |
| 建议 | wes.1kg.wugsc |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | ICNV |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | codex_1.14.1.tar.gz |
| Windows二进制 | codex_1.14.1.zip |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | codex_1.14.1.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/codex |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/codex |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/codex/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
