CNVrd2

DOI:10.18129 / B9.bioc.CNVrd2

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本,请参见CNVrd2

CNVrd2:一种基于读深的方法,用于从下一代测序数据中检测复杂的常见拷贝数变异并进行基因分型。

Bioconductor版本:3.8

CNVrd2利用下一代测序数据测量多个样本的人类基因拷贝数,识别标记拷贝数变体的snp,并检测拷贝数多态性基因组区域。

作者:黄檀阮,托尼R梅里曼和米克布莱克

维护:Hoang Tan Nguyen

引文(从R内,输入引用(“CNVrd2”)):

安装

要安装这个包,启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("CNVrd2")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“CNVrd2”)

PDF R脚本 Markdown Vignette与针织
PDF 参考手册

细节

biocViews 集群。CopyNumberVariation报道LinkageDisequilibrium单核苷酸多态性测序软件
版本 1.20.0
在Bioconductor BioC 2.13 (R-3.0)(5.5年)
许可证 GPL-2
取决于 R(>= 3.0.0),方法,VariantAnnotation平行,rjagsggplot2gridExtra
进口 DNAcopyIRangesRsamtools
链接
建议 knitr
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/hoangtn/CNVrd2
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 CNVrd2_1.20.0.tar.gz
Windows二进制 CNVrd2_1.20.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) CNVrd2_1.20.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CNVrd2
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CNVrd2
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/CNVrd2/
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  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网