CNVPanelizer

DOI:10.18129 / B9.bioc.CNVPanelizer

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅CNVPanelizer

可靠的CNV检测目标排序的应用程序

Bioconductor版本:3.8

这种方法允许使用未匹配正常组织样本的集合。我们的方法使用一个非参数引导二次抽样可用的参考样本估计的分布从目标序列读取计数。受随机森林,这是结合过程次级样本相关的扩增子的每个目标基因。获得的信息使我们能够可靠地基因的拷贝数畸变程度进行分类。

作者:克里斯蒂奥利维拉(aut)托马斯·沃尔夫(aut (cre), Albrecht Stenzinger[所有],Volker Endris[所有],妮可Pfarr[所有],Benedikt Brors(黑色),Wilko Weichert(黑色)

维修工:托马斯·沃尔夫在gmx.de > < thomas_wolf71

从内部引用(R,回车引用(“CNVPanelizer”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“CNVPanelizer”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

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PDF R脚本 CNVPanelizer
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 分类,CopyNumberVariation,报道,归一化,测序,软件
版本 1.14.0
Bioconductor自 BioC 3.2 (r - 3.2)(3.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (> = 3.2.0),GenomicRanges
进口 S4Vectors,统计grDevices跑龙套,NOISeq,IRanges,Rsamtools,exomeCopy,foreach,ggplot2,plyr,GenomeInfoDb,gplots,reshape2,stringr,testthat、图形的方法,闪亮的,shinyFiles,shinyjs、网格openxlsx
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建议 knitr,RUnit,BiocGenerics
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包档案

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源包 CNVPanelizer_1.14.0.tar.gz
Windows二进制 CNVPanelizer_1.14.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) CNVPanelizer_1.14.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CNVPanelizer
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CNVPanelizer
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/CNVPanelizer/
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