CNVPanelizer

DOI:10.18129 / B9.bioc.CNVPanelizer

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅CNVPanelizer。

可靠的CNV检测目标排序的应用程序

Bioconductor版本:3.8

这种方法允许使用未匹配正常组织样本的集合。我们的方法使用一个非参数引导二次抽样可用的参考样本估计的分布从目标序列读取计数。受随机森林,这是结合过程次级样本相关的扩增子的每个目标基因。获得的信息使我们能够可靠地基因的拷贝数畸变程度进行分类。

作者:克里斯蒂奥利维拉(aut)托马斯·沃尔夫(aut (cre), Albrecht Stenzinger[所有],Volker Endris[所有],妮可Pfarr[所有],Benedikt Brors(黑色),Wilko Weichert(黑色)

维修工:托马斯·沃尔夫在gmx.de > < thomas_wolf71

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“CNVPanelizer”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“CNVPanelizer”)

PDF	R脚本	CNVPanelizer
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类,CopyNumberVariation,报道,归一化,测序,软件
版本	1.14.0
Bioconductor自	BioC 3.2 (r - 3.2)(3.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.2.0),GenomicRanges
进口	S4Vectors,统计grDevices跑龙套,NOISeq,IRanges,Rsamtools,exomeCopy,foreach,ggplot2,plyr,GenomeInfoDb,gplots,reshape2,stringr,testthat、图形的方法,闪亮的,shinyFiles,shinyjs、网格openxlsx
链接
建议	knitr,RUnit,BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	CNVPanelizer_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	CNVPanelizer_1.14.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	CNVPanelizer_1.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CNVPanelizer
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CNVPanelizer
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CNVPanelizer/
包下载报告	下载数据