Cindex

doi：10.18129/b9.bioc.cindex

该包适用于生物导体的3.8版；对于稳定的最新版本，请参阅Cindex。

染色体不稳定性指数

生物导体版本：3.8

Cindex软件包解决了高通量基因组分析的重要领域。它允许对Affymetrix SNP 6.0阵列或类似高吞吐量技术生成的实验DNA拷贝数数据进行自动处理和分析。它计算染色体不稳定性（CIN）指数，该指数允许定量表征全基因组DNA拷贝数的变化，以衡量染色体不稳定性。该软件包不仅可以计算总体基因组不稳定性，而且还计算出在染色体和细胞体水平上分别拷贝数和损失方面的不稳定性。

作者：Lei Song，Krithika Bhuvaneshwar，Yue Wang，Yuanjian Feng，Ie-Ming Shih，Subha Madhavan，Yuriy Gusev

维护者：yuriy gusev

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.5”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ cindex”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Cindex”）

PDF	R脚本	Cindex教程
PDF	R脚本	准备Cindex的输入数据
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	库务，，，，遗传学，，，，基因组变量，，，，微阵列，，，，测序，，，，软件，，，，ACGH
版本	1.10.0
在生物导体中	Bioc 3.3（R-3.3）（3年）
执照	GPL（> = 2）
要看	r（> = 3.3），基因组机
进口	比特，，，，GPLOTS，grdevices，SOM，，，，dplyr，，，，栅格，，，，PNG，，，，Stringr，，，，S4VECTORS，，，，iranges，，，，GenomeInfodB，图形，统计，utils
链接
建议	尼特，，，，测试，，，，Reactomepa，，，，运行，，，，生物基因，，，，AnnotationHub，，，，rtracklayer，，，，pd.Genomewidenp.6，，，，org.hs.eg.db，，，，Biovizbase，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg18.nown， 方法，生物弦，，，，同性恋
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	cindex_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	cindex_1.10.0.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	cindex_1.10.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cindex
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：套餐/cindex
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/cindex/
软件包下载报告	下载统计