生命网络

DOI:10.18129 / B9.bioc.BioNet

这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本，请参见生命网络．

生物网络功能分析的例程

Bioconductor版本:3.8

该软件包提供了蛋白质-蛋白质相互作用网络的集成分析和功能模块的检测功能。通过将统计检验的p值分配给网络节点，可以将不同的数据集集成到网络中。例如，从Affymetrix阵列的基因差异表达中获得的p值被分配给网络的节点。通过拟合β -均匀混合模型并根据p值计算得分，可以计算网络区域的总体得分，并通过整数线性规划算法确定得分最高的子网络。

作者:Marcus Dittrich和Daniela Beisser

维护者:Marcus Dittrich < Marcus。迪特里希在生物中心。uni- wurzburg .de>

安装

要安装这个包，启动R (version "3.5")并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("BioNet")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“生命网络”)

PDF	R脚本	生命网络教程
PDF		参考手册

细节

biocViews	DataImport，DifferentialExpression，GeneExpression，GraphAndNetwork，微阵列，网络，NetworkEnrichment，软件
版本	1.42.0
在Bioconductor	BioC 2.7 (R-2.12)(8.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 2.10.0)，图，RBGL
进口	igraph(> = 1.0.1),AnnotationDbi，Biobase
链接
建议	rgl，嫁祸于，DLBCL，genefilter，xtable，所有，limma，hgu95av2.db，XML
SystemRequirements
增强了
URL	http://bionet.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/
全靠我
进口我	HTSanalyzeR，击杀
建议我	圣诞老人
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	BioNet_1.42.0.tar.gz
Windows二进制	BioNet_1.42.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	BioNet_1.42.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BioNet
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BioNet
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BioNet/
软件包下载报告	下载数据