这个包适用于Bioconductor 3.8版;有关稳定的最新发布版本,请参见BiSeq.
Bioconductor版本:3.8
BiSeq包提供了有用的类和函数来处理和分析靶向亚硫酸氢盐测序(BS)数据,如还原表示亚硫酸氢盐测序(RRBS)数据。特别是,它实现了一种检测差异甲基化区域(DMRs)的算法。该包从一个或多个样本中获取已经对齐的BS数据。
作者:Katja Hebestreit, Hans-Ulrich Klein
维护者:Katja Hebestreit
引文(从R内,输入引用(“BiSeq”)
):
要安装这个包,启动R (version "3.5")并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("BiSeq")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“BiSeq”)
R脚本 | BiSeq简介 | |
参考手册 |
biocViews | DNAMethylation,遗传学,MethylSeq,测序,软件 |
版本 | 1.22.0 |
在Bioconductor | BioC 2.12 (R-3.0)(6年) |
许可证 | LGPL-3 |
取决于 | R(>= 2.15.2),方法,S4Vectors,IRanges(> = 1.17.24),GenomicRanges,SummarizedExperiment(> = 0.2.0),公式 |
进口 | 方法,BiocGenerics,Biobase,S4Vectors,IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges,SummarizedExperiment,rtracklayer平行,betareg,lokern,公式,globaltest |
链接 | |
建议 | |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | RRBSdata |
进口我 | M3D |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | BiSeq_1.22.0.tar.gz |
Windows二进制 | BiSeq_1.22.0.zip |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | BiSeq_1.22.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BiSeq |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BiSeq |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/BiSeq/ |
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