BiFET

DOI:10.18129 / B9.bioc.BiFET

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅BiFET。

偏离的足迹浓缩试验

Bioconductor版本:3.8

BiFET标识TFs的足迹在目标区域与背景区域中被纠正偏差产生的失衡后读计数和GC内容目标和背景之间的地区。对于一个给定的TF k, BiFET测试零假设目标区域具有相同的概率有脚印的TF k为背景区域而纠正读计数和GC含量偏差。为此,我们使用的数量目标地区的足迹TF k, t_k作为测试数据和计算假定值的概率观察t_k或多个目标地区的足迹在零假设下。

作者:Ahrim梦想(aut (cre),总的马尔克斯(aut),内森软件(aut),迈克尔·Stitzel (aut) Duygu Ucar (aut)

维护人员:Ahrim只要< Ahrim。你在jax.org上>

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“BiFET”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“BiFET”)

HTML	R脚本	使用BiFET指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ATACSeq,DNaseSeq,表观遗传学,GeneRegulation,遗传学,ImmunoOncology,RIPSeq,软件,转录
版本	1.2.1 "
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(1年)
许可证	GPL-3
取决于
进口	统计数据,poibin,GenomicRanges
链接
建议	testthat,knitr
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	BiFET_1.2.1.tar.gz
Windows二进制	BiFET_1.2.1.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	BiFET_1.2.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BiFET
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BiFET
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BiFET/
包下载报告	下载数据