ArrayExpressHTS

DOI:10.18129 / B9.bioc.ArrayExpressHTS

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ArrayExpressHTS。

ArrayExpress高通量测序处理管道

Bioconductor版本:3.8

公共ArrayExpress RNA-Seq处理管道实验或本地数据集

作者:安琪拉Goncalves,安德鲁Tikhonov

维护人员:安吉拉Goncalves < filimon ebi.ac。英国>,安德鲁Tikhonov <安德鲁在ebi.ac.uk >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ArrayExpressHTS”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ArrayExpressHTS”)

PDF	R脚本	ArrayExpressHTS: RNA-Seq管道转录分析实验
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件
版本	1.32.1
Bioconductor自	BioC 2.8 (r - 2.13)(8年)
许可证	艺术授权2.0
取决于	抽样,Rsamtools(> = 1.19.36),雪
进口	Biobase,BiocGenerics,Biostrings,DESeq,GenomicRanges,Hmisc,IRanges(> = 2.13.11),R2HTML,RColorBrewer,Rsamtools,ShortRead,XML,biomaRt,刨边机、grDevices、图形、方法rJava统计数据,svMisc跑龙套,sendmailR,bitops
链接	Rsamtools
建议
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ArrayExpressHTS_1.32.1.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	ArrayExpressHTS_1.32.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ArrayExpressHTS
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ArrayExpressHTS
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ArrayExpressHTS/
包下载报告	下载数据