AnnotationHubData

DOI:10.18129 / B9.bioc.AnnotationHubData

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅AnnotationHubData。

公共数据资源转换成Bioconductor数据结构

Bioconductor版本:3.8

这些食谱将各种和越来越多的公共科学数据集轻松使用标准Bioconductor数据结构。

作者:马丁•摩根(施)马克·卡尔森(施),丹特南鲍姆(施),Sonali Arora[所有],保罗•香农(施)Lori牧羊人[所有],Bioconductor包维护者(cre)

维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“AnnotationHubData”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“AnnotationHubData”)

HTML	R脚本	AnnotationHub:创建一个AnnotationHub包
HTML		介绍AnnotationHubData
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,软件
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.2 (r - 3.2)(3.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 3.2.2)、方法、效用,S4Vectors(> = 0.7.21),IRanges(> = 2.3.23),GenomicRanges,AnnotationHub(> = 2.9.14)
进口	GenomicFeatures,Rsamtools,rtracklayer,BiocGenerics,jsonlite,BiocManager,biocViews,AnnotationDbi,Biobase,Biostrings,DBI,GenomeInfoDb(> = 1.15.4),OrganismDbi,RSQLite,rBiopaxParser,AnnotationForge,futile.logger(1.3.0 > =版本),XML,RCurl
链接
建议	RUnit,knitr,BiocStyle,grasp2db,GenomeInfoDbData
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	ExperimentHubData,ProteomicsAnnotationHubData
进口我	AHEnsDbs,EuPathDB
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	AnnotationHubData_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	AnnotationHubData_1.12.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	AnnotationHubData_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/AnnotationHubData
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ AnnotationHubData
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/AnnotationHubData/
包下载报告	下载数据