ALDEx2

DOI:10.18129 / B9.bioc.ALDEx2

这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ALDEx2。

微分丰富考虑样本变异分析

Bioconductor版本:3.8

微分丰富分析的比较两个或两个以上的条件。用于分析的数据标准RNA-seq或meta-RNA-seq化验以及选择和从体外序列选择未经选择的值。使用Dirichlet-multinomial模型推断出从数量丰富,优化了实验复制三个或更多。推断生物和抽样方法变化计算预期的错误发现率,考虑到变化,基于Wilcox等级测试或韦尔奇学习任务(通过aldex.ttest),或漠视和克鲁斯卡尔-沃利斯测试(通过aldex.glm)。报告假定值和Benjamini-Hochberg假定值修正。

作者:格雷格•Gloor露丝Grace Wong安德鲁•费尔南德斯阿里亚艾伯特,马特链接,托马斯•奎因贾荣

维护人员:格雷格Gloor < ggloor在uwo.ca >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ALDEx2”)

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文档

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browseVignettes (“ALDEx2”)

PDF	R脚本	R包确定微分丰富的高通量测序实验
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	贝叶斯,ChIPSeq,DNASeq,DifferentialExpression,GeneExpression,ImmunoOncology,宏基因组,微生物组,RNASeq,测序,软件
版本	1.14.1
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(4.5年)
许可证	文件许可
取决于	方法,统计数据
进口	BiocParallel,GenomicRanges,IRanges,S4Vectors,SummarizedExperiment,乘
链接
建议	testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ggloor/ALDEx2
BugReports	https://github.com/ggloor/ALDEx2/issues
取决于我
进口我	omicplotR
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ALDEx2_1.14.1.tar.gz
Windows二进制	ALDEx2_1.14.1.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	ALDEx2_1.14.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ALDEx2
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ALDEx2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ALDEx2/
包下载报告	下载数据