这个包是3.8版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ADaCGH2。
Bioconductor版本:3.8
全息阵列数据的分析和策划。允许使用循环二进制Segementation,小波平滑(如刘et al .,和HaarSeg Ben-Yaacov和灵族),嗯,BioHMM,欢喜,CGHseg。大多数计算并行化(通过分叉或集群,包括MPI和套接字集群)和使用ff来存储数据。
作者:雷蒙Diaz-Uriarte Rueda < < rdiaz02 gmail.com >和奥斯卡·m·埃达。om gmail.com >。小波aCGH平滑代码从李许< lih fhcrc.org >和道格拉斯格罗夫< dgrove fhcrc.org >。Imagemap代码从巴里Rowlingson < B。Rowlingson lancaster.ac.uk >。HaarSeg代码从Erez Ben-Yaacov;下载< http://www.ee.technion.ac.il/people/YoninaEldar/Info/software/HaarSeg.htm >。
维护人员:雷蒙Diaz-Uriarte < rdiaz02 gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“ADaCGH2”)
):
安装这个包,开始R(版本“3.5”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ADaCGH2”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“ADaCGH2”)
R脚本 | ADaCGH2概述 | |
ADaCGH2-long-examples.pdf | ||
benchmarks.pdf | ||
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | CopyNumberVariants,微阵列,软件 |
版本 | 2.22.0 |
Bioconductor自 | BioC 2.7 (r - 2.12)(8.5年) |
许可证 | GPL (> = 3) |
取决于 | R(> = 3.2.0),并行,ff,很高兴 |
进口 | 位,ffbase,DNAcopy,tilingArray,waveslim,集群,aCGH,snapCGH |
链接 | |
建议 | CGHregions,开罗,limma |
SystemRequirements | |
增强了 | Rmpi |
URL | https://github.com/rdiaz02/adacgh2 |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | ADaCGH2_2.22.0.tar.gz |
Windows二进制 | ADaCGH2_2.22.0.zip(32位和64位) |
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | ADaCGH2_2.22.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ADaCGH2 |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ADaCGH2 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/ADaCGH2/ |
包下载报告 | 下载数据 |