工作流包:simpleSingleCell

Bioconductor单细胞RNA-seq数据低层次分析的分步工作流程

Bioconductor版本:3.7

该工作流使用scran、scater和其他Bioconductor包实现了scRNA-seq数据的低级分析管道。它描述了如何对库进行质量控制，细胞特定偏差的规范化，基本数据探索和细胞周期阶段识别。程序检测高度可变的基因，显著相关的基因和亚群体特异性标记基因也显示。这些分析在一系列公开可用的scRNA-seq数据集上得到了证明。

作者:Aaron Lun [aut, cre]， Davis McCarthy [aut]， John Marioni [aut]

维护者:Aaron Lun

安装

要安装这个包，启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“simpleSingleCell”)

文档

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browseVignettes(“simpleSingleCell”)

超文本标记语言	R脚本	分析基于液滴的scRNA-seq数据
超文本标记语言	R脚本	分析scRNA-seq读计数数据
超文本标记语言	R脚本	分析scRNA-seq UMI计数数据
超文本标记语言	R脚本	校正scRNA-seq数据中的批效应
超文本标记语言	R脚本	分析scRNA-seq数据的进一步策略
超文本标记语言	R脚本	使用R/Bioconductor分析单细胞RNA-seq数据的工作流程

细节

biocViews	SingleCellWorkflow，工作流
版本	1.2.1 "
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.3.0)，BiocStyle，knitr，BiocParallel，Rtsne，mvoutlier，命运，readxl，gdata，SingleCellExperiment，嘘，org.Mm.eg.db，食物，limma，pheatmap，dynamicTreeCut，集群，刨边机，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.ensGene，scRNAseq，DropletUtils
进口
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建议	knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/help/workflows/simpleSingleCell/
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