流程包:测序
序列数据生物导体简介
Bioconductor版本:3.7
Bioconductor能够分析和理解高通量的基因组数据。我们有大量的软件包，允许对大数据进行严格的统计分析，同时牢记技术工件。Bioconductor帮助用户将分析结果置于生物学环境中，并提供丰富的可视化机会。再现性是生物导体分析的一个重要目标。例如，使用Bioconductor可以进行不同类型的分析;测序:RNASeq、ChIPSeq、变体、拷贝数等;微阵列:表达、SNP等;领域特异性分析:流式细胞术、蛋白质组学等。对于这些分析，通常会导入并使用各种与序列相关的文件类型，包括fasta、fastq、BAM、gtf、bed和wig文件等等。Bioconductor软件包支持导入、常见和高级序列操作，如修整、转换和校准，包括质量评估。
作者:Sonali Arora [aut]， Martin Morgan [aut, cre]
维护者:马丁·摩根<马丁。在roswellpark.org>
引文(从R内，输入引用(测序))：
安装
要安装这个包，启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“测序”)
文档
要查看系统中安装的此包版本的可用工作流，启动R并输入:
browseVignettes(测序)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 序列数据生物导体简介 |
细节
| biocViews | BasicWorkflow，工作流 |
| 版本 | 1.2.0 |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (>= 3.3.0)，GenomicRanges，GenomicAlignments，Biostrings，Rsamtools，ShortRead，BiocParallel，rtracklayer，VariantAnnotation，AnnotationHub，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 |
| 进口 | |
| 链接 | |
| 建议 | knitr，rmarkdown，BiocStyle |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | //www.anjoumacpherson.com/help/workflows/sequencing/ |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
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| 构建报告 |
