工作流包:recountWorkflow

重新描述工作流程:使用Bioconductor获取超过70,000份人类rna测序样本

Bioconductor版本:3.7

该资源由7万多份经过统一处理的人类rna测序样本组成，这些样本跨越TCGA和SRA，包括GTEx。处理后的数据可以通过recte2网站和rectebioconductor软件包访问。该工作流程详细说明了如何使用重新计票包，以及如何将其与其他Bioconductor软件包集成，以便使用重新计票资源进行若干分析。特别地，我们描述了在rect2中如何计算覆盖率计数矩阵，以及获得公共元数据的不同方式，这可以促进下游分析。循序渐进的指导展示了如何做基因水平差异表达分析，可视化基本水平基因组覆盖数据，并执行多特征水平的分析。因此，这个工作流提供了进一步的信息来理解rect2中的数据，并提供了一个R代码的概要来使用数据。

作者:Leonardo Collado-Torres, Abhinav Nellore, Andrew E. Jaffe

维护者:Leonardo Collado-Torres

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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“remotworkflow”)

文档

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browseVignettes(“recountWorkflow”)

超文本标记语言	R脚本	重新描述工作流程:使用Bioconductor获取超过70,000份人类rna测序样本
文本		新闻

细节

biocViews	ResourceQueryingWorkflow,工作流
版本	1.2.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.4.0)
进口	重新计票(> = 1.2.3),GenomicRanges,limma,刨边机,DESeq2,regionReport(> = 1.11.2),clusterProfiler(> = 3.5.5),org.Hs.eg.db(> = 3.4.1),gplots,derfinder,rtracklayer(> = 1.36.4),GenomicFeatures,bumphunter(> = 1.17.2),derfinderPlot
链接
建议	BiocStyle(> = 2.5.19),BiocWorkflowTools,knitr,devtools,rmarkdown,knitcitations
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/LieberInstitute/recountWorkflow
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/recountWorkflow/
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