工作流包:generegulation

寻找候选人通过序列匹配为已知的转录因子结合位点

Bioconductor版本:3.7

转录因子的结合蛋白(TFs)转录起始点的DNA基因上游启动子区域(tss)是最重要的一个机制的基因表达,因此许多细胞过程的控制。尽管近年来许多新种类的数据成为可识别转录因子结合位点(TFBSs)——其中ChIP-seq DNase我敏感地区序列匹配继续发挥重要作用。在这个流程我们演示Bioconductor技术寻找候选人TF结合位点在DNA序列使用模型生物酿酒酵母。这里展示的方法同样适用于其他生物。

作者:Bioconductor包维护者(aut (cre)

维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >

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寻找候选人通过序列匹配为已知的转录因子结合位点

细节

biocViews	EpigeneticsWorkflow,工作流
版本	1.2.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.3.0),BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3,Biostrings,GenomicFeatures,MotifDb,S4Vectors,TxDb.Scerevisiae.UCSC.sacCer3.sgdGene,motifStack,org.Sc.sgd.db,seqLogo
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建议	knitr,rmarkdown,BiocStyle
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