工作流程包：chipseqdb
从读取到区域：一个生物导体工作流程，以检测芯片序列数据中的差异结合
生物导体版本：3.7
本文介绍了用于使用滑动窗口进行数据库分析的计算工作流程。目的是通过提供详细的代码和预期输出来促进基于窗口的DB分析的实际实施。此处描述的工作流程适用于具有多个实验条件的任何CHIP-SEQ实验，并且在一个或多个条件下具有多个生物样品。它以从头 *的方式检测并总结了条件之间的数据库区域，即没有对结合区域的位置或宽度进行任何先前的假设。然后根据其与注释基因的接近度进行注释。此外，该代码很容易适应以适应批处理效应，协变量和多个实验因素。
作者：Aaron Lun [AUT，CRE]，Gordon Smyth [aut]
维护者：aaron lun
引用（从r内，输入引用（“ chipseqdb”））：
安装
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文档
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| html | R脚本 | 检测小鼠成纤维细胞中CBP的差异结合 |
| html | R脚本 | 检测鼠B细胞中H3K9AC的差异富集 |
| html | R脚本 | 从读取到区域：一个生物导体工作流程，以检测芯片序列数据中的差异结合 |
细节
| 生物浏览 | 表观遗传学，，，，工作流程 |
| 版本 | 1.2.0 |
| 执照 | 艺术2.0 |
| 要看 | r（> = 3.3.0），生物使用，，，，Chippeakanno，，，，GVIZ，，，，rsamtools，，，，rsubread，，，，txdb.mmusculus.ucsc.mm10.nowngene，，，，CSAW，，，，EDGER，，，，尼特，，，，Locfit，，，，org.mm.eg.db，，，，rtracklayer，，，，Statmod |
| 进口 | |
| 链接 | |
| 建议 | 尼特，，，，rmarkDown |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | //www.anjoumacpherson.com/help/workflows/chipseqdb/ |
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