pasillaBamSubset

DOI:10.18129 / B9.bioc.pasillaBamSubset

这个包是3.7版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅pasillaBamSubset。

BAM的子集文件从“Pasilla”实验

Bioconductor版本:3.7

BAM文件untreated1子集。bam(单头读)和untreated3。bam (paired-end读取)从“Pasilla”实验(Pasilla混战,布鲁克斯et al .,基因组研究2011)。看到的小插图pasilla数据包如何untreated1 BAM文件。bam untreated3。bam RNA-Seq读取序列数据的获得是由NCBI基因表达综合下加入数字GSM461176 GSM461181。还包含飞4号染色体的DNA序列读取可以映射。

作者:Herve页面

维修工:Herve页< hpages fredhutch.org >

安装

安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“pasillaBamSubset”)

文档

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细节

biocViews	DNASeqData,ExperimentData,基因组,RNASeqData
版本	0.18.0
许可证	LGPL
取决于
进口
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建议	pasilla
SystemRequirements
增强了
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取决于我
进口我
建议我	GenomicAlignments,GenomicFeatures,GenomicRanges,IRanges,karyoploteR,plyranges,TransView
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	pasillaBamSubset_0.18.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pasillaBamSubset
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ pasillaBamSubset
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/pasillaBamSubset/
包下载报告	下载数据