curatedTCGAData

DOI:10.18129 / B9.bioc.curatedTCGAData

这个包是3.7版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅curatedTCGAData。

策划癌症基因组图谱的数据(TCGA) MultiAssayExperiment对象

Bioconductor版本:3.7

这个包提供了公开数据从癌症基因组图谱(TCGA) Bioconductor MultiAssayExperiment类对象。这些对象集成多个化验(例如RNA-seq,拷贝数变异,微rna,蛋白质,和其他人)与临床和病理资料。MultiAssayExperiment类链接分析条形码与病人id,使和谐构造子集(特性)的行和列(病人/样本)在整个实验。

作者:马塞尔·拉莫斯<烫发。拉莫斯在roswellpark.org >,Levi Waldron , Lucas Schiffer , Valerie Obenchain , Morgan Martin

维护人员:马塞尔·拉莫斯<烫发。拉莫斯在roswellpark.org >

安装

安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“curatedTCGAData”)

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“curatedTCGAData”)

HTML	R脚本	curatedTCGAData
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CancerData,ExperimentData,Homo_sapiens_Data,ReproducibleResearch
版本	1.2.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.4.0),MultiAssayExperiment
进口	AnnotationHub,ExperimentHub,S4Vectors,跑龙套
链接
建议	BiocStyle,knitr,readr,rmarkdown,testthat
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我	TCGAutils
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	curatedTCGAData_1.2.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/curatedTCGAData
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ curatedTCGAData
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/curatedTCGAData/
包下载报告	下载数据