BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal4.masked

DOI:10.18129 / B9.bioc.BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal4.masked

此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本,请参见BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal4.masked

Gallus Gallus全掩模基因组序列(UCSC版本galalgal4)

Bioconductor版本:3.7

Gallus Gallus (Chicken)的完整基因组序列由UCSC提供(galalgal4, 2011年11月)并存储在Biostrings对象中。序列与BSgenome.Ggallus.UCSC相同。galGal4,除了它们每个都在上面有以下4个掩码:(1)组装间隙掩码(AGAPS掩码),(2)contig内歧义掩码(AMB掩码),(3)RepeatMasker中的重复掩码(RM掩码),以及(4)Tandem repeats Finder中的重复掩码(TRF掩码)。默认情况下,只有AGAPS和AMB掩码是“活动的”。

作者:Bioconductor开发团队

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

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##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“bsgenome . ggallus . ucsc . galgal4 .mask”)

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PDF 参考手册

细节

biocViews AnnotationDataBSgenomeGallus_gallus遗传学
版本 1.3.99
许可证 艺术- 2.0
取决于 BSgenome(> = 1.31.8),BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal4
进口 BSgenomeBSgenome.Ggallus.UCSC.galGal4
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源包 BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal4.masked_1.3.99.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal4.masked/
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