BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal4.masked

DOI:10.18129 / B9.bioc.BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal4.masked

此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本，请参见BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal4.masked．

Gallus Gallus全掩模基因组序列(UCSC版本galalgal4)

Bioconductor版本:3.7

Gallus Gallus (Chicken)的完整基因组序列由UCSC提供(galalgal4, 2011年11月)并存储在Biostrings对象中。序列与BSgenome.Ggallus.UCSC相同。galGal4，除了它们每个都在上面有以下4个掩码:(1)组装间隙掩码(AGAPS掩码)，(2)contig内歧义掩码(AMB掩码)，(3)RepeatMasker中的重复掩码(RM掩码)，以及(4)Tandem repeats Finder中的重复掩码(TRF掩码)。默认情况下，只有AGAPS和AMB掩码是“活动的”。

作者:Bioconductor开发团队

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

安装

要安装这个包，启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“bsgenome . ggallus . ucsc . galgal4 .mask”)

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	AnnotationData，BSgenome，Gallus_gallus，遗传学
版本	1.3.99
许可证	艺术- 2.0
取决于	BSgenome(> = 1.31.8),BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal4
进口	BSgenome，BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal4
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal4.masked_1.3.99.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal4.masked/
软件包下载报告	下载数据