### R代码从vignette源的教程。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:read-tab (eval = FALSE ) ################################################### ## df < read.table(“exptData.txt”,标题= TRUE ) ################################################### ### 代码块2号:色 ################################################### 空空的。透镜<-结构(c(247249719L, 242951149L, 199501827L, 191273063L, 180857866L, 170899992L, 1588274826l, 140273252L, 135374737L, 134452384L, 114142980L, 106368585L, 100338915L, 88827254L, 78774742L, 76117153L, 63811651L, 62435964L, 46944323L, 49691432L, 154913754L, 57772954L)， .Names = c("chr1"， "chr2"， "chr3"， "chr4"， "chr5"， "chr6"， "chr7"， "chr8"， "chr11"， "chr12"， "chr13"， "chr14"， "chr15"， "chr19"， "chr20"， "chr21"，“chr22”、“chrX”、“chrY ")) ################################################### ### 代码块3号:chr-samples ################################################### set.seed (13245) chr.names < -名字(chr.lens)对应。因子<-因子(chrr .names, chrr .names) CHRS <-样本(chr.names,chr.names)factor,40000,repl=TRUE, prob= chrr .lens)Ns <- table(chrs)样本。pos <- function(x,y) sort(sample(y,x,repl=TRUE)) chr。Pos <- mapply(sample。pos、chr.ns chr.lens,简化df = FALSE) < - data.frame(色=代表(chr.factor chr.ns)、pos = unlist (chr.pos )) ################################################### ### 代码块数量4:grp-samp ################################################### df grp < - rbinom美元(40000,0.5)= = 1 ################################################### ### 代码块5号:null-run ################################################### 需要(geneRxCluster悄悄地= TRUE) null。结果< - gRxCluster (df色美元,df pos美元,df grp美元,15 l: 30 l, nperm = 100 l) as.data.frame (null.results), c(4、5 )] ################################################### ### 代码块6号:grxsmry ################################################### gRxSummary (null。结果 ) ################################################### ### 代码块7号:sim-true ################################################### 丛。chr <- sample(chr。repl = TRUE因素,30日,概率= chr.lens ) ################################################### ### 代码块8号:教程。Rnw: 182 - 184 ################################################### clump.chr.pos.bound < -酸式焦磷酸钠(chr.lens[丛。科)、功能(y) sample.pos (1, y )) ################################################### ### 代码块9号:教程。Rnw: 189 - 190 ################################################### clump.site.ns < -代表(c(40) 15日,25日,每个= 10 ) ################################################### ### 代码块10号:教程。Rnw: 195 - 209 ################################################### 丛。站点<- lapply(seq_along(块。chrs)，函数(x) {chromo <-块。Chrs [x] n <- block .site。Ns [x] CTR <- block .chr.pos. s。bound[x] chrLen <- chr。透镜[色度]if (ctr