### R代码从vignette源的CNORfeeder-vignette。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:installBio (eval = FALSE ) ################################################### ## 源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)# # biocLite (c(“RBGL”,“图”,“minet”、“CellNOptR”、“igraph”、“catnet ")) ################################################### ### 代码块2号:installPackage (eval = FALSE ) ################################################### ## 源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)# # biocLite(“CNORfeeder ") ################################################### ### 代码块3号:installPackage2 (eval = FALSE ) ################################################### ## install.packages(“path_to_CNORfeeder / CNORfeeder_1.0.0.tar.gz”,# #回购= NULL, type = "来源 ") ################################################### ### 代码块4号:loadLib ################################################### 库(CNORfeeder ) ################################################### ### 代码块5号:getData ################################################### # 加载数据已经格式化为CNOlist数据(CNOlistDREAM、包=“CellNOptR”)#负荷模型(波兰)已经在碳氮氧(DreamModel、包= " CellNOptR格式数据 ") ################################################### ### 代码块6号:getData ################################################### BTable < - makeBTables (CNOlist = CNOlistDREAM k = 2, measErr = c (0.1, 0 )) ################################################### ### 代码块7号:linkRank ################################################### Lrank < linksRanking (CNOlist = CNOlistDREAM measErr = c (0.1, 0), savefile = FALSE ) ################################################### ### 代码块8号:getData ################################################### 模型<预处理(数据= CNOlistDREAM = DreamModel模型 ) ################################################### ### 代码块9号:集成 ################################################### modelIntegr < mapBTables2model (BTable = BTable模型=模型、allInter = TRUE ) ################################################### ### 代码块10号:integLinks ################################################### modelIntegr $ reacID [modelIntegr indexIntegr美元 ] ################################################### ### 代码块11号:plotData ################################################### plotModel(模型= modelIntegr CNOlist = CNOlistDREAM indexIntegr = modelIntegr indexIntegr美元 ) ################################################### ### 代码块12号:重量 ################################################### modelIntegrWeight < -加权(modelIntegr = modelIntegr PKNmodel = DreamModel CNOlist = CNOlistDREAM integrFac = 10 ) ################################################### ### 代码块13号:weightPPI (eval = FALSE ) ################################################### ## 数据(PPINigraph包=“CNORfeeder”)# #数据(UniprotIDdream、包=“CNORfeeder”)# # modelIntegrWeight < -加权(modelIntegr = modelIntegr PKNmodel = DreamModel, # # CNOlist = CNOlistDREAM integrFac = 10, # # UniprotID = UniprotIDdream PPI = PPINigraph ) ################################################### ### 代码块14号:火车 ################################################### initBstring <代表(1,长度(modelIntegrWeight reacID美元))#使用遗传算法训练数据(运行更长的时间来获得更好的结果)DreamT1opt < -gaBinaryT1W (CNOlist = CNOlistDREAM模型= modelIntegrWeight initBstring = initBstring maxGens = 2, popSize = 5, verbose = FALSE ) ################################################### ### 代码块数量15: results ################################################### # model plotModel(model=modelIntegrWeight, CNOlist=CNOlistDREAM, bString=DreamT1opt$bString) # data cutAndPlotResultsT1(model=modelIntegrWeight, CNOlist=CNOlistDREAM, bString=DreamT1opt$bString)