1.18版更改:新增类:GenomeAnnotatedDataFrame o GenomeAnnotatedDataFrame扩展了AnnotatedDataFrame，但需要“isSnp”、“染色体”和“位置”列。o为GenomeAnnotatedDataFrame类定义SNP指示器、染色体和位置的访问器。o assayData元素必须全部为整数。拷贝数或相对拷贝数应乘以100并以整数形式存储。使用integerMatrix(x, 100)，其中x是原始比例上拷贝数的矩阵。B等位基因频率应乘以1000，并保存为整数。使用integerMatrix(b, 1000)，其中'b'是b个等位基因频率的矩阵。o这些类中的featureData应该有“GenomeAnnotatedDataFrame”类。1.14版的更改:新特性o ocSamples()和ocProbesets()将它们所设置的值传播到一个集群(如果已经设置了集群);1.9版的变化:USER VISIBLE Changes o SNP/CNP算法使用的类的主要重构。1. New class: CNSet, AlleleSet, SnpSuperSet 2. Removed classes: Snp*QSet, Snp*CallSet, Snp*CallSetPlus 3. Genotyping algorithms will use SnpSet instead of SnpCallSet o Replaced thetaA, thetaB, senseThetaA, antisenseThetaA, senseThetaB and antisenseThetaB methods by allele. o Exported DBPDInfo, ExpressionPDInfo, FeatureSet, TilingPDInfo o Added ff utilities used by both oligo and crlmm packages NEW FEATURES o bothStrands() methods for AlleleSet and SnpFeatureSet.