版本1.14.0的变化-------------------------新特性显著的用户可见的变化弃用和DEFUNCT从seqinfo()和seqlevels()设置器中删除'force'参数(该参数在BioC 3.5中被弃用，取而代之的是新的和更灵活的'pruning '。模式的参数)。BUG修复o为黑腹果蝇和褐家鼠添加seqlevel样式db中缺失的Y/chrY条目。更改版本1.12.0 -------------------------新功能o添加函数standard() o Seqlevels() setter现在支持“fine”和“tidy”模式对GRangesList和GAlignmentsList对象o添加assembly y_accessions数据集修改o更新映射表之间的UCSC和Ensembl，以包括最近的构建o使用https而不是http获取东西从NCBI o替换'force=TRUE'与'修剪。mode="粗"'在seqlevels() setter o添加'修剪。mode的参数传递给keepSeqlevels()、dropSeqlevels()和keepstandardchromosome()函数。重要提示:像seqlevels() setter一样，默认的修剪模式是"error"，这意味着现在当使用一些seqlevels从'x'中删除时，这些函数会失败。旧的行为是默默地删除“x”(做“粗”修剪)o更新文件在数据目录更新内部函数.lookup_refseq_assembly_accession()和fetch_assembly_report()的速度和效率o将一些文件从GenomeInfoDb /数据/ GenomeInfoDbData注释BUG修复包o fetch_assembly_summary()最近的更新与修改格式的文件assembly_summary_genbank.txt 1.10.0 assembly_summary_refseq.txt变化版本------------------------------新功能o添加函数mapGenomeBuilds()，映射UCSC和Ensembl构建之间。o添加函数genomeBuilds()，列出可以在mapGenomeBuilds()中使用的给定生物体的所有可用UCSC或Ensembl构建。o添加listOrganism()，列出所有当前可用的生物体，包括在genomeBuilds()中使用。修改斑马雀被删除作为fetchExtendedChromInfoFromUCSC()的选项，因为它还不支持keepstandardchromosome()在多个匹配时选择第一种风格BUG修复o修复在keepstandardchromosome()确定风格时发生的警告isSupportedSeqnames -> . issupportedseqnamestyles -> . supportedseqnamemdings -> . supportedseqnamemdings isSupportedSeqnamesStyle -> .isSupportedSeqnamesStyle更改版本0.99.6 ----------------------------------新功能添加新函数()seqnamesInGroup，它将接受染色体的字符向量并返回由用户提供的组参数指定的染色体。 The user can also give the species and the style. seqnamesOrder() internally calls Herve's function makeSeqnameIds() o add seqnameStyles generic and method from GenomicRanges MODIFICATIONS o rename: testSeqnames -> isSupportedSeqnames o move SeqnamesStyle generic from GenomicRanges and define a new method which works on a character vector. DEPRECATED AND DEFUNCT o deprecate listAllSupportedStylesBySpecies(), listAllSupportedSeqnameStyles(), supportedOrganisms() supportedSeqnameMappingsWithGroup() o deprecate supportedSeqnameMappings(), supportedSeqnameStyles(), isSupportedSeqnamesStyle(),issupportedSeqnames() CHANGES IN VERSION 0.99.17 ---------------------------------- MODIFICATIONS o keepStandardChromosomes: Make 'species' argument optional and remove 'style' argument. CHANGES IN VERSION 0.99.14 ---------------------------------- MODIFICATIONS o rename: package: Seqnames --> GenomeInfoDb supportedStyles -> genomeStyles makeSeqnameIds --> rankSeqlevels (add to export) seqnamesOrder --> orderSeqlevels extractSeqnameSet -> extractSeqlevels extractSeqnameSetByGroup -> extractSeqlevelsByGroup findSequenceRenamingMaps --> mapSeqlevels seqnamesInGroup --> seqlevelsInGroup seqnamesStyle --> seqlevelsStyle "seqnameStyle<-" --> "seqlevelsStyle<-" CHANGES IN VERSION 0.99.1 ------------------------------ NEW FEATURES o added new functions: supportedOrganisms() supportedSeqnameMappingsWithGroup() extractSeqnameSetByGroup() MODIFICATIONS o The Seqnames package will have functions which will be moved from AnnotationDbi , GenomicRanges o List of 9 functions moved from AnnotationDbi supportedSeqnameMappings, findSequenceRenamingMaps, supportedSeqnameStyles, supportedSeqnames, extractSeqnameSet, testSeqnames, isSupportedSeqnamesStyle, listAllSupportedStylesBySpecies, listAllSupportedSeqnameStyles. o makeSeqnameIds moved from GenomicRanges o keepStandardChromosomes moved from GenomicRanges o rename: keepStandardChromosomes -> keepChromosomes