variancePartition

DOI:10.18129 / B9.bioc.variancePartition

此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本，请参见variancePartition．

在多水平基因表达实验中量化和解释多种变异

Bioconductor版本:3.7

量化和解释基因表达实验中生物和技术变异的多个来源。使用线性混合模型量化可归因于个体、组织、时间点或技术变量的基因表达变异。包括重复测量的梦差异表达分析。

作者:Gabriel E. Hoffman

维护者:Gabriel E. Hoffman < Gabriel。Hoffman在mssm。edu>

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持source(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“variancePartition”)

文档

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browseVignettes(“variancePartition”)

PDF	R脚本	1)使用variancePartition的教程
PDF	R脚本	2)额外的可视化
PDF	R脚本	3)随机效应的理论与实践
超文本标记语言	R脚本	4)重复测量设计的差异表达测试
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect，DifferentialExpression，GeneExpression，归一化，预处理，质量控制，RNASeq，回归，软件，转录
版本	1.10.4
在Bioconductor	BioC 3.2 (R-3.2)(3年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.0.0)，ggplot2，limma，foreach，尺度，Biobase、方法
进口	质量，pbkrtest(> = 0.4 4),lmerTest，迭代器样条函数,colorRamps，gplots，reshape2，lme4-10年(> = 1.1),doParallel， grDevices，图形，utils，统计
链接
建议	BiocStyle，knitr，老鸨，rmarkdown，刨边机，dendextend，tximport，tximportData，舞会礼服，DESeq2，RUnit，BiocGenerics，r2glmm，readr
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

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源包	variancePartition_1.10.4.tar.gz
Windows二进制	variancePartition_1.10.4.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	variancePartition_1.10.4.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/variancePartition
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/variancePartition
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/variancePartition/
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