tximport

DOI:10.18129 / B9.bioc.tximport

此包适用于Bioconductor 3.7版;有关稳定的最新发布版本,请参见tximport

导入并总结转录水平估计,用于转录水平和基因水平分析

Bioconductor版本:3.7

导入转录水平丰度,估计计数和转录长度,并总结为矩阵用于下游基因水平分析包。经样本特异性转录丰度估计加权的平均转录长度作为一个矩阵,可用于不同基因水平计数表达的偏移量。

作者:Michael Love [cre,aut], Charlotte Soneson [aut], Mark Robinson [aut], Rob Patro [ctb], Andrew Parker Morgan [ctb], Ryan C. Thompson [ctb], Matt Shirley [ctb]

维护者:Michael Love

引文(从R内,输入引用(“tximport”)):

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“tximport”)

文档

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browseVignettes(“tximport”)

超文本标记语言 R脚本 使用tximport导入转录丰度数据集
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DataImportGeneExpressionRNASeq软件转录
版本 1.8.0
在Bioconductor BioC 3.3 (R-3.3)(2.5年)
许可证 GPL (> = 2)
取决于
进口 跑龙套
链接
建议 knitrrmarkdowntestthattximportDataTxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGenereadr(> = 0.2.2),limma刨边机DESeq2(> = 1.11.6),rhdf5jsonlite
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我 IsoformSwitchAnalyzeR
建议我 DESeq2SummarizedBenchmarkvariancePartition
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 tximport_1.8.0.tar.gz
Windows二进制 tximport_1.8.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) tximport_1.8.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tximport
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/tximport
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/tximport/
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