Systempiper

doi：10.18129/b9.bioc.systempiper

该包适用于生物导体的3.7版；对于稳定的最新版本，请参阅Systempiper。

Systempiper：NGS工作流程和报告生成环境

生物导体版本：3.7

R包用于构建和运行自动端到端分析工作流程，用于广泛的下一代序列（NGS）应用程序，例如RNA-SEQ，CHIP-SEQ，VAR-SEQ和RIBO-SEQ。重要功能包括跨不同NGS应用程序的统一工作流界面，自动报表生成以及对运行R和命令行软件的支持，例如NGS Aligners或Peak/variant Callers，在本地计算机或计算群集上。一致实现的样本注释基础架构促进了对复杂样品集和实验设计的有效处理。使用Systempiper的说明在概述小插图（HTML）中给出。下面链接的其余小插曲是常见NGS用例的工作流模板。

作者：托马斯·吉尔克（Thomas Girke）

维护者：thomas girke

安装

要安装此软件包，请启动R并输入：

##尝试http：//如果不支持https：// URL不支持源（“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”）bioclite（“ Systempiper”）

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Systempiper”）

PDF	R脚本	CHIP-SEQ工作流模板
html	R脚本	概述小插图
PDF	R脚本	Ribo-Seq工作流模板
PDF	R脚本	RNA-SEQ工作流模板
PDF	R脚本	var-seq工作流模板
PDF		参考手册
文本		读书我
文本		消息

细节

生物浏览	结盟，，，，chipseq，，，，覆盖范围，，，，DataImport，，，，基因表达，，，，基因烯，，，，遗传学，，，，基础设施，，，，甲基，，，，QualityControl，，，，rnaseq，，，，核糖，，，，SNP，，，，测序，，，，软件
版本	1.14.0
在生物导体中	Bioc 3.0（R-3.1）（4年）
执照	艺术2.0
要看	rsamtools（> = 1.31.2），生物弦，，，，Shortread（> = 1.37.1），方法
进口	生物基因，，，，基因组机，，，，GenomicFeatures（> = 1.31.3），总结性特征，，，，变体（> = 1.25.11），rjson，，，，GGPLOT2， 网格，林玛，，，，EDGER，，，，deseq2，，，，gostats，，，，go.db，，，，注释，，，，pheatmap，，，，batchjobs
链接
建议	猿，，，，运行，，，，生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，Biomart，，，，生物比较
系统要求	SystemPiper可用于运行外部命令行软件（例如，简短读取对准器），但是需要在系统上安装相应的工具。
增强
URL	http://tgirke.github.io/systempiper
取决于我
进口我	差异
建议我	SystemPiperData
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	Systempiper_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	SystemPiper_1.14.0.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	Systempiper_1.14.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/systempiper
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/systempiper
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/systempiper/
软件包下载报告	下载统计